Pada tahun ke 5 hijriah ada serangan baru kepada kaum Muslimin. Peperangan itu disebabkan karena kemarahan orang Yahudi. Peperangan tersebut terjadi dikota Madinah. Peperangan itu di rencanakan oleh Khuyay bin Akhtob dari kaum Musyrik. Ia mengumpulkan kaum Qoinuqu, kaum Nazdir, dan kabilah Ghutafan untuk menambah pasukan. Pasukan kaum Musyrikin berjumlah 10.000 pasukan. Orang Muslim membuat lubang yang mengitari kota Madinah sehingga musuh yang masuk kedalam lubang tidak bisa keluar.saat orang-orang muslim membuat lubang ada kejadian yaitu batu besar yang tidak bisa dipecahkan dengan kapak, dan kapak yang mereka gunakan patah. Lalu orang-orang memberitahu kejadian itu kepada Rasul dan Rasul membantu. Rasul memercikkan sedikit air ke batu itu lalu Rasul membenturkan kapak 3 kali dan akhirnya batu itu pecah oleh Rasulullah.
Jabir bin ‘Abdillah melihat Raasul yang kelaparan, lalu ia menemui istrinya dan menanyakan apakah ada makanan atau tidak di rumah dan sang istri menjawab ada makanan dirumah tapi hanya cukup untuk 2-5 orang saja. Lalu Jabir mengundang Rasul bersama 2-3 orang untuk makan. Saat orang-orang sudah datang yangdatang bukan hanya 2-5 orang tetapi 1500 orang yang datang. Lalu istrinya memasak untuk orang-orang itu tetapi hanya sedikit, karna bantuan allah makanan itu bisa dimakan untuk 1500 dan masih sisa.
Ada salah satu orang musyrik yang berdiri, ia bernama Amr. Amr ditakuti oleh orang-orang arab karna tubuhnya yang tinngi dan besar. Lalu Ali bin Abi Thalib mendekati Amr dan memberikan 2 pilihan, pilihan pertama mengucapkan kalimat syahadat lalu masuk islam, dan pilihan ke kedua yaitu di perangi. Amr memilih diperangi, lalu Ali dan para sahabat perang dengan Amr dan Amr kalah terbunuh oleh sahabatnya Ali.
Dalam perang ada satu peraturan yaitu tidak membunuh anak kecil dan wanita, tetapi dalam peperangan ini kaum Yahudi ingin membunuh wanita dan anak-anak. Saat itu ada 1 benteng yang didalamnya ada wanita dan anak-anak, saat itu orang Yahudi mendatangi benteng itu dan mengetuk pintunya, tetapi pintunya tidak dibuka oleh orang yang didalam dan ia tidak akan pergi sampai pintunya terbuka. Akhirnya orang yang didalam membuka pintu itu, Sofiah ( bibi Rasul ) mengambil senjata dan memakai penutup wajah lalu berdiri di belakang pintu. Sofiah juga memrintahkan anak kecil untuk mengadukan kejadian itu kepada Rasul, Rasul yang mendengar kejadian itu langsung mengirimkan 2 orang untuk membunuh orang Yahudi.
Perangan itu dimenangkan oleh kaum Muslimin. Orang-orang yahudi Madinah yang tersisa di bunuh oleh orang-orang muslim. Setelah orang-orang yahudi Madinah dibunuh, Madinah menjadi kota yang suci dan bersih.